El papa Innocenci III, constatant que en terres occitanes, cap missió de predicació o d'intimidació coercitiva, no havia donat cap resultat que fos vàlid, i que l'heretgia donava un argument suplementari a l'anticlericalisme endèmic i actiu dels senyors d'aquelles contrades (els drets de l'Església eren escarnits, violats, espoliats, el delme eclesiàstic ja no tornava dins de les caixes) i, sobretot, que aquesta heretgia pretenia implantar-se i organitzar-se com a contraesglésia i els seus predicadors coneixien l'Evangeli millor que el seu propi baix clergat, va decidir recórrer a la força d'una croada. 

   La primavera de 1208, i després de l'assassinat del seu legat, Pere de Caltellnou a Sant Gèli, segons es va dir, en mans d'un home del comte de Tolosa, Innocenci III va pronunciar un anatema solemne contra Ramon VI, i va declarar les seves terres "lliurades com a presa". Això era una crida directa a la croada, dirigida a Felip August, rei de França, així com a tots els comtes, barons i cavallers del reialme. Amb el temps, la croada esdevindrà el pretext que tindrà la monarquia francesa del Nord, per ocupar les terres del Sud, força més riques i civilitzades, i s'inscriurà en el seu procés d'expansió territorial i, concretament, en l'intent de Felip II August de França de reunificar l'antic regne dels francs. 

   Un any més tard, durant la primavera de 1209, el gran exèrcit de la croada, sota el comandament del legat pontifical Arnau Amauri, abat de Cîteaux, es va posar en moviment cap a les terres occitanes.  

    En dos mesos, juliol i agost, Besiers (on es produirà la matança de tota la població) i Carcassona, cauran en mans dels croats, que desposseïran dels seus béns i dels seus títols al jove vescomte Ramon Roger Trencavell. El títol vacant de vescomte de Carcassona, s'otorgarà a Simó de Montfort, que a partir d'aquest moment es convertirà en el cap militar de la croada, títol que ostentarà fins a la seva mort assetjant Tolosa. 

   Aquesta situació va representar un greu problema pel rei Pere el Catòlic. Per un costat, es veia obligat a defensar els seus súbdits occitans i a reaccionar davant una situació que posava en perill tota la política occitana de la Casa de Barcelona. Però en aquest cas, optar per la defensa dels seus súbdits podia significar l'excomunicació i la probable extensió de la croada als dominis peninsulars de la Corona d'Aragó. Per això, Pere el Catòlic va posar en joc tots els recursos possibles per aconseguir una solució pacífica del problema, però tot va ser en va. Finalment, decidí oposar-se a la croada, en compliment dels seus deures feudals. 

   Malgrat que a començaments de 1213, els comtes de Tolosa, Foix i Bearn havien jurat fidelitat a Pere el Catòlic, i que finalment es convertia en senyor de tota Occitània, fent realitat el projecte polític català de la Casa de Barcelona, el 12 de setembre de 1213, fou derrotat i mort, per l'exèrcit croat de Simó de Monfort, a Muret. Aquesta derrota suposà l'enfonsament de la política d'expansió a Occitània i la pèrdua d'aquests territoris, que amb el temps passaran a dependre de la monarquia francesa. 

   Salvat l'obstacle que representava la Corona d'Aragó i fins al 1244, moment de la capitulació de Montsegur, les diferents accions de guerra dutes a terme pels exèrcits croats en diferents etapes, faran que una darrera l'altra, les ciutats i els castells del Llenguadoc (Montreal, Fanjaus, Laurac, Saissac, Castres, Menerba, Termes, Cabares, Lavaur, Tolosa,...), caiguin víctimes de durs assetjaments i els càtars que hi habitaven i que no han pogut fugir, siguin cremats en fogueres col.lectives.