El nom de Sunyer pot provenir d’alguns antics repobladors i sembla que pot voler dir “Terra de Solana”. 
El poble  sembla tenir precedents ibèrics, que encara no han estat del tot documentats.
S’ha descobert recentment una necròpolis antropomórfica que no ha estat totalment excavada (és coneguda popularment com “les tombes dels moros”).
Les primeres notícies documentals que trobem són del segle XII, quan va ser repoblat per habitants procedents de Sanaüja.
Al segle XIII  Arnau de Sanaüja juga un paper molt important. Quan li va ser venut el lloc i el castell de Sunyer, va determinar-ne l’estructura medieval. L’esglèsia fou ampliada i es basteix el castell. El darrer senyor de les Borges i de Sunyer, Pere de Sanaüja,va testar a favor dels seus marmessors que van traspassar el lloc a Pere Sescomes. Aquest mateix senyor cedeix al seu fill Joan Sescomes, àlies Borriac, els pobles de Sunyer, Vinfaro,
Alcanó i Alfés.
Al segle XIV, passa a pertànyer al capítol catedralici de Lleida, que en tindrà la senyoria fins el 1835.
Trobem poca documentació a partir d’aquest període fins a la Guerra Carlina. La  població era un bastió Carlí important i fou enderrocat el seu castell. 
L’escut de la vila: uns clarividents negres sobre fons d’argent,es pot relacionar amb el seu patró Sant Isidor de Sevilla,el qual amb els seus ulls de saviesa humana vigila el poble d’ençà que el va salvar del cólera, el segle XIX.