El apóstol San Juan es también el autor del cuarto evangelio. Como evangelista su atributo es el águila. Suele representársele escribiendo el evangelio ante un pupitre con ella a su lado. También en la isla de Patmos escribiendo el Apocalipsis, ya que, según la tradición, habría sido en esa isla griega donde lo habría escrito. Como apóstol aparece en numerosos episodios de la vida y Pasión de Cristo: Transfiguración, oración en el Huerto de los Olivos, Última Cena, Crucifixión, llanto sobre Cristo muerto, entierro.

Su leyenda propia, tras la Resurrección y Ascensión de Cristo, incluye diversas escenas inspiradas en La Leyenda Dorada. Destaca entre ellas la del tormento del aceite hirviendo:

 

El emperador Domiciano lo hace llamar a Roma donde será sumergido en una caldera con aceite hirviendo sin sufrir daño alguno. En la imagen podemos ver a San Juan en el interior de la caldera dirigiendo sus ojos al cielo ante el emperador que, a caballo, contempla la escena con mirada sorprendida. La escena se conoce también como San Juan ante Portam Latina, por ser ante esa puerta romana donde tuvo lugar el intento de martirio.

 

Un papel importante en su iconografía lo juega su disputa con el sacerdote pagano Aristodemo, sobre todo el episodio en el que San Juan bebe la copa de veneno que Aristodemo le ha preparado sin sentir ningún mal. Con ello pretende convencerlo de la superioridad del cristianismo. Consecuencia de todo ello es que otro de los atributos más característicos del santo sea un cáliz con serpientes en alusión a esos hechos.