Municipi i cap de la comarca del Gironès, a la confluència de quatre rius (el Ter,  l'Onyar, el Güell i el Galligants), encaixat en l'únic pas que les formacions muntanyoses de les Guilleries i les Gavarres deixen entre les comarques de la Selva i l'Empordà. El territori, en una gran part urbanitzat, és format en una bona part per sediments marins del terciari o per sediments fluvials. Els dipòsits marins són més ostensibles a la part alta (les Pedreres), on les calcàries nummulítiques han donat lloc a una indústria d'extracció de pedra per a la construcció (pedra de Girona). El relleu és, doncs, molt irregular: la part antiga de la ciutat s'assenta damunt un terreny considerablement accidentat, i la part més moderna en terrenys d'al·luvió (el pla de Girona i el de Salt, que formen una petita depressió entre la Garrotxa, l'Empordà i la Selva). El clima és clarament continental; la temperatura mitjana de les màximes ha estat, els darrers anys, de 36°C, i la mitjana de les mínimes, de -3°C. Les precipitacions, gairebé sempre en forma de pluja, són d'uns 800 litres per m2 anuals, i  la mitjana d'humitat, a causa dels quatre rius, és superior al 65%.