El violí, la viola de gamba, la flauta i el laúd van ser els instruments adoptats a les composicions de cambra escrites a Weimar i, sobretot, a Köthen, on hi havien valiosos instruments a les que provablement Bach destinava aquestes composicions, útils tambè per a l'exercici privat i familiar. Els instruments monódics anaven acompanyats per una part de baix continuo, que es tenien que interpretar amb el clavicèmbal, o bè tocava exclusivament el clavicèmbal, donant-li al mateix temps, la part del baix continu per la mà esquerra i una part efectiva per a la mà dreta: en aquest últim cas s'obtenía una conducció en tres parts, análoga a la sonata trío barroc de gust italià. L'estructura d'aquestes sonates reproduïa la de la sonata "da chiesa". A la viola de gamba amb clavicèmbal hi han dedicades tres sonates. Durant el servei de Bach a Köthen hi havia presents a la capella dos músics intèrprets de viola de gamba. La viola de gamba es procedent de la familia de les violes renacendistes i representa el registre suau, amb sis cordes afinades en intervals de la cuarta amb una tercera i el centre. De les tres sonates que Bach dedicà al instrument, les dos primeres eren en forma de sonata, mentres que la última es una sonata de cambra. En totes elles el clavicèmbal tè una funció concertament, en el sentit de que a la mà dreta se li confía una part de al igual que sucseeix amb la viola de gamba, segons el esquema barroc de les tres sonates. Per a la flauta travessera, Bach va compondre diferents Sonates i una Partita. En el catàleg de Bach s'incluïen quatre sonates per a flauta i clavicèmbal obligat, tres sonates per a flauta i baix continuo, una sonata per a dos flautes i baix continuo, mentre que la Partita es per a fauta sola. En realitat, algunes d'aquestes sonates son de dubtosa paternitat. Tambè s'a de recordar que la flauta te tambè una part solista en la Ouverture en Si menor per a orquestra. En quan al laúd, el antic instrument tenía numeroses cultivadores a l'Alemanya de la època de Bach. S'atribueixen a Bach set composicions per a la laúd, algunes de les cuals són transcripcions de les peces preexistens. Com composicions expresaments destinades al laúd hi ha dues Suits i el Preludi en Do menor. Convé tindre present que la laúd es utilitzada tambè en la Pasió segons Sant Mateu i en la Pasió segons Sant Juan.