Acabats els seus estudis en Lüneburg en 1702, Johann Sebastian va renunciar a inscriure's als concursos universitaris i, el 1703, va regressar a Turingia per iniciar la carrera musical sota la protecció de la seva família. El primer intent d'aconseguir treball ho va fer precisament en Arnstandt, una de les ciutats on s'havía establert una llarga tradició musical de la família de Bach. No va tenir ocasió d'assolir el seu objectiu, ja que l'orgue de la Neue Kirche (Esglèsia Nova) encara estava en construcció. Com no podia esperar a que acabessin els treballs, Bach es va presentar a un concurs per ocupar el lloc d'organista de l'esglèsia de San Jacob en Sangerhausen, un poblet próxim a Halle ( la ciutat natal de Haendel). La prova va ser superada amb brillantesa, però el duc Joan Jordi de Sajonia- Weissenfels va imposar al seu progenitor, Johann Augustin Kobelius, per la qual cosa l'ajuntament de Sangerhausen es va veure obligat a refussar a Johann Sebastian.
Aquella primera desil·lusió posiblement va posar en moviment a la família per ajudar-lo, ja que poc temps després el noi seria instal.lat a la cort de Weimar, centre musical de notable prestigi i particularment actiu degut a la pasió que sentia per la musica el duc Joan Ernest, el qual governava junt amb el seu germà Guillerm Ernest. Joan Sebastian va estar molt poc temps a la cort de Weimar, des del 4 de març al 13 de septembre de 1703, després del qual va tornar i es va quedar allà bastant de temps, desde 1708 al 1717. La seva entrada en la capella privada dels ducs va ser quasi completament decidida per la seva família. Havía a Weimar un music, David Hoffmann, que coneixia a Bach gràcies a una boda entre les dues famílies al 1636. La relació encara s'havía fet més forta amb el resultat de la boda entre Heinrich Bach i Eva Hoffmann, avis de Maria Barbara, la primera esposa de Johann Sebastian. El lloc del violinista i organista, que necessitaba d'un substitut, estaba ocupat per Johann Effler, qui, per haver tingut contacte amb els altres Bach, segurament va acollir favorablement a un principiant per el fet de pertanyer a aquella numerosa família. Va ser així, doncs, com Johann Sebastian va aconseguir el seu treball profesional i continuat.