Durant els segles VIII i VII aC, a l'altra banda de la Mediterrània els grecs van viure una època de greu inestabilitat social, causada principalment pel creixement demogràfic i l'escassetat de recursos. Això va provocar un important moviment migratori que encetà un període d'establiment de colònies de poblament al llarg del Mediterrani. Una colonització posterior que arribà a la Península ibèrica perseguia, en canvi, finalitats comercials.A la costa catalana, concretament a l'alt Empordà, colons grecs procedents de l'illa de Rodes hi funden Rhode -l'actual Roses-, el segle VIII aC. La dada sobre aquesta fundació la proporcionaren autors grecs del segle I aC. L'altra ciutat grega establerta en aquesta comarca fou Empòrion. Fundada vers el 600 aC pels foceus, colonitzadors grecs que provenien de la ciutat de Focea, aquests cercaren nous assentaments a l'extrem de la Mediterrània perquè les colònies itàliques ja estaven densament poblades. Els foceus van fundar en un illot prop de la desembocadura del riu Fluvià, a la badia de Roses, el primer establiment del que seria la colònia d'Empòrion, avui Empúries. Es tracta de l'anomenada Paleàpolis, la ciutat antiga. Durant els primers anys d'existència, aquesta nova polis va quedar sota la influència de la ciutat francesa de Massàlia, és a dir, Marsella.
L'emplaçament de l'actual poblet de St.Martí d'Empúries aleshores era una illeta d'uns 300 metres de perímetre, situada a menys de 100 metres de la costa. Al davant s'hi estenia una zona de llacunes i pantans. Es creu que sota l'actual església gòtica hi havia un temple destinat al culte a la deessa Àrtemis d'Efès. Des de la Paleàpolis, els colons grecs van iniciar els primers contactes amb la població indígena de la zona, contactes bàsicament de caire comercial. Empòrion -que en grec vol dir "mercat"- va anar creixent. Vers el 550 aC es va traslladar a terra ferma aixecant-s'hi l'anomenada Neàpolis o ciutat nova. Definitivament es tractava no d'un assentament colonial de poblament, sinó d'un centre d'intercanvi mercantil. La ciutat nova, en realitat era una dípolis, una ciutat amb un mateix recinte emmurallat on cohabitaven grecs i indiketes -nom que rebien els ibers en aquesta zona-, però separats entre si per una altra muralla interior.
Durant el segle VI aC, arribaren a Empúries productes de Grècia. Progressivament, la ciutat es va anar creant i consolidant un mercat que es va estendre pel litoral cap al sud, fins a l'Ebre i cap a l'interior. A final del segle V aC, la ciutat començà a encunyar moneda pròpia, mostra de la seva importància. Els segles IV i III aC el comerç emporità continuava gaudint d'un tràfic intens, fins al punt que entra amb competència amb el comerç cartaginès. Si bé una part molt important de la població es dedicava al món de la navegació, una altra s'emprava en l'elaboració de mercaderies pròpies i el comerç, especialment de vi, oli, ceràmica, armes, perfums i articles exòtics. Els emporitans eren molt destres en l'art de teixir el lli. Però els grecs, a més de vendre també compraven. A banda dels aliments i de les matèries primeres per a sobreviure -com ara els cereals-, els productes pels quals més s'interessaven eren els metalls, la sal, i l'espart.
Les ruïnes del sector grec d'Empúries que ens han arribat corresponen als segles II aC i I dC. Gràcies als testimonis d'autors de l'Antiguitat, sabem que la ciutat estava emmurallada i que tenia una única porta. A ambdós costats d'aquesta es troben sengles torres que la flanquegen. Per completar el sistema defensiu es disposava d'una gran torre o talaia situada a l'interior i a la part més alta de la ciutat. L'asklepeion era un conjunt arquitectònic format per tres temples, una sèrie d'altars i cisternes d'aigua. Mitjançant una escalinata s'accedeix al recinte sagrat. Aquest estava dedicat al culte del déu grec de la medicina, Asclepi, on acudien els homes quan es trobaven malalts i se'ls intentava guarir per mitjà d'uns rituals. En una altra zona hi hagué un altre temple dedicat al déu grec-egipci Zeus Serapis.
Els edificis del nucli urbà es troben distribuïts en quadrants. Dos carrers principals el recorren d'extrem a extrem, creuant-se. A la seva confluència, hi ha la plaça central o àgora, centre de la vida política i comercial, que estava envoltada d'edificis porticats i d'estàtues. A prop s'hi trobava la stoà o mercat porticat. Es tractava d'un edifici format per dues filades de 12 columnes cadascuna. En un costat de la stoà, hi havia les tabernae o locals comercials, amb nou departaments rectangulars. Les grans cisternes públiques proporcionaven aigua als ciutadans, l'única solució que es poguer emprar per a poder tenir aigua potable en aquesta ciutat. A la ciutat devia haver-hi barris populars i residencials. En els primers, les cases devien ser petites, de planta baixa amb dues o tres habitacions. En canvi, les cases residencials devien ser més espaioses i estaven decorades. Disposaven d'un peristil, pati obert central rodejat d'una porxada, amb diverses dependències distribuïdes al seu voltant. Algunes d'aquestes estances estaven decorades amb mosaics. Tractant-se d'una ciutat eminentment comercial, devia comptar amb un bon port, encara que només ens han arribat les restes d'un moll del segle I aC.
Envoltant la ciutat s'hi trobaven les necròpolis o cementiris on es practicava el ritu de la inhumació, és a dir, l'enterrament sota terra. La ceràmica fou una de les principals mercaderies. L'ús dels vasos de terrissa era molt ampli i generalitzat, tant per a la vida quotidiana com per a l'aixovar funerari. Les mostres ceràmiques més antigues trobades a Empúries són de la primera meitat del segle VI aC. Es tracta bàsicament de vasos jònics i jònico-foceus, que devien impressionar molt els indígenes, ja que es nota una influència important d'aquests en la ceràmica ibèrica d'aleshores. També s'hi ha trobat ceràmica coríntia, lídia, calcídica i campaniana, i sobretot atenesa de figures negres i de figures roges.
Entre les peces amb figures negres hi destaquen els lékythos. Eren recipients per a l'oli. Les figures roges servien per a decorar els kylix, vasos petits que s'empraven per a treure del crater el vi barrejat amb aigua, servir-lo i beure'l. Les llànties o llums d'oli formaven part també dels estris quotidians.
L'escultura fou un de les manifestacions artístiques més importants dels grecs. Prova d'això és l'estàtua d'Asclepi, esculpida en marbre del Pentèlic i que ha estat datada al segle III aC. Les seves mides són una mica més grans que les naturals.
O el tors d'Afrodita, còpia hel.lenística d'un original de l'escola de Praxítel.
Igualment hel.lenístic és el cap d'Afrodita, còpia d'un original grec del segle IV aC.
També ho són els mosaics polícroms.
Les influències culturals dels grecs sobre els ibers es noten en l'adopció de les tècniques i estils d'elaboració de la ceràmica, en la introducció del conreu del vi i de l'olivera, en l'ordenació urbanística dels poblats i en l'ús de la moneda.
Amb l'arribada dels romans, Empúries esdevé porta d'entrada de successives expedicions.