L'activitat curricular es coordina mitjançant l'organització per departaments.

El centre Prats de la Carrera hi ha tres departaments: científic-tecnològic, humanitats i el d'expressió.

Cada departament és coordinat pel cap de departament i en formen part el professorat que imparteix alguna matèria d'aquell departament.

La cordinació curricular es realitza per a cada curs i al llarg de tota l'etapa a fi de vetlar perquè a cada curs s'imparteixin aquells continguts que li són propis i a l'hora que al llarg de tota l'eso s'imparteixin tots els contingus d'una manera progressiva.

A més de la coordinació curricular els departaments també organitzen activitats alternatives vinculades amb la dinàmica pròpia del departament com poden ser xerrades, exposicions, sortides, etc.