La institución de una Inquisición aparece por primera vez en la historia en territorio germánico el año 1231, y va dirigida contra los cátaros de Renania, la eliminación de los cuales, es confiada por el papa a Conrad de Marburg. El año 1233, en Occitania, el "Inquisitio heretice pravitatis" (función de investigación sobre la depravación herética), es instaurada oficialmente y Gregorio IX, inviste del poder de este "Santo Oficio" a dominicos y franciscanos.

     La palabra Inquisición significa propiamente investigación. El procedimiento será dirigido por un verdadero tribunal, con un juez que "instruye" cada caso, interrogando bajo juramento a los testimonios aportados, con la intención de obligarles a decir toda la verdad, tanto si se trata de ellos mismos como de otras personas. La Inquisición pues, como procedimiento de investigación, exigía testigos, reclamaba listas de nombres y se basaba en el sistema de la delación. Su principal objetivo fue el exterminio de la religión cátara, mediante la eliminación de sus pastores y el desmantelamiento de las redes de solidaridad que les apoyaban.

     La Inquisición era odiada, por sus métodos. Los inquisidores llegaban en los furgones del ejército de ocupación, y rápidamente se dirigía a registrar el terreno, hasta el punto, que hacía de cada habitante un sospechoso en potencia y de la Iglesia de los Buenos Cristianos, una Iglesia del desierto. Funcionó y se fue organizando lentamente, cada vez de forma más burocrática y sistemática.

     El objetivo de sus investigaciones era muy simple: identificar todos los perfectos y las perfectas clandestinos, todos los ministros y pastores de la religión disidente, sacando conclusiones a partir de los testimonios y las declaraciones de los testigos. Los registros de los interrogatorios o de las deposiciones, funcionaban en este aspecto como verdaderos ficheros, en los que destacaban nombres y lugares. Cada perfecto o perfecta identificado y arrestado, era sistemáticamente "entregado al brazo secular", es decir, condenado a la hoguera si rehusaba abjurar. Si abjuraba, incurría en penas menores: la condena a las "cuatro paredes", la prisión, perpetua o no, "estricta" o no (la prisión "estricta" equivalía a una condena a muerte disimulada). Si abjuraba y aceptaba ser colaborador de la Inquisición, recobraba la libertad, quedando bajo la protección y el control del tribunal.

     Sin ninguna duda la inmensa mayoría de perfectos no abjurararon, y fue de esta manera como la continuada represión selectiva, el terror generalizado y la delación erigida en sistema debido al miedo y la codicia, llevadas a cabo por la Inquisición desde 1234 a 1325, logró la total desaparición de la Iglesia cátara en Occitania. Algunos de sus miembros se refugiaron en Lombardia y Cataluña, y el resto, uno trás otro, fueron siendo eliminados por medio del fuego.