El papa Inocencio III, constatando que en tierras occitanas, ninguna de las medidas de predicación ni de intimidación coercitiva, había logrado un resultado que fuese positivo, y que la herejia continuaba dando más y más argumentos al anticlericalismo endémico y activo de los señores occitanos (los derechos de la Iglesia eran humillados, violados, espoliados, los diezmos eclesiásticos ya no llegaban a las arcas de Roma, ...) y, sobretodo, que esta herejía pretendía implantarse y organizarse como una contraiglesia, en la que sus predicadores conocían el Evangelio mejor que sus propios clérigos, decidió cambiar de táctica y utilizar la violencia haciendo que se proclamara una cruzada contra los albigenses. 

   La primavera de 1208, y después del asesinato de su legado, Pedro de Caltelnou en San Gèli, según se dijo, por orden del conde de Tolosa, Inocencio III pronunció un anatema solemne contra Ramon VI, y declaró sus tierras "entregadas como presa". Esto era una llamada directa a la cruzada, dirigida a Felipe II Augusto, rey de Francia, así como a todos los condes, barones y caballeros de su reino. Al cabo de unos años, esta cruzada se convertirá en el pretexto que necesitaba la monarquía francesa del Norte, para poder ocupar las tierras del Sur, mucho más ricas y civilizadas. De esta manera, la cruzada se inscribe en el proceso de expansión territorial de la monarquía francesa y, en concreto, en el intento de Felipe II Augusto de reunificar el antiguo reino de los francos. 

   Un año más tarde, durante la primavera de 1209, el gran ejército de la cruzada, bajo el mando del legado pontificio Arnaud Amaury, abad de Citeaux, se puso en marcha hacia tierras occitanas.  

    En dos meses, julio y agosto, Béziers (donde los cruzados aniquilaron la práctica totalidad de la población, sin distinguir entre cátaros y no cátaros ) y Carcassona ( que también tuvo un terrible saqueo ), caeran en manos de los cruzados. Los habitantes de Carcassona se verán obligados a abandonar sus bienes y su joven vizconde Ramon Roger Trencavell, al que también habían arrebatado sus títulos, desaparecerá misteriosamente. Entretanto Simón de Monfort aprovechará la ocasión para hacerse atribuir el vizcondado de Béziers y Narbona, y para acrecentar sus bienes. Muy pronto, el titulo vacante de vizconde de Carcassona, también se otorgará a Simón de Montfort, el cual a partir de ese momento se convertirá en el jefe militar de la cruzada, cargo que desempeñará hasta su muerte en el asedio de Tolosa. 

   Esta situación representó un grave problema para el Rey de la Corona de Aragón Pedro el Católico. Por un lado, se veía obligado a defender a sus súbditos occitanos y a reaccionar ante una situación que ponía en peligro toda la política occitana de la Casa de Barcelona. Él mismo estaba casado con María de Montpellier. Pero en este caso, optar por la defensa de sus súbditos significaba la excomunión y la extensión de la cruzada a los dominios peninsulares de la Corona de Aragón. Por ello, Pere el Catòlic puso en juego todos los recursos posibles para conseguir una solución pacífica del problema, pero fue en vano. Finalmente, decidió oponerse a la cruzada, en cumplimiento de sus deberes feudales.  

   A pesar de que a principios de 1213, los condes de Tolosa, Foix y Bearn habían jurado fidelidad a Pere el Catòlic, y que finalmente se convertia en Señor de toda Occitania, haciendo realidad el proyecto político catalán de la Casa de Barcelona, el 12 de septiembre de 1213, fue derrotado y muerto en Muret por los cruzados de Simón de Montfort. Esta derrota significó el hundimiento de la política de expansión de la Corona de Aragón en Occitania y la pérdida de estos territorios que poco después pasaron a depender de la monarquía francesa.  

   Salvado el obstáculo que representaba la Corona de Aragón y hasta el año 1244, momento de la capitulación de Montsegur, las diferentes acciones de guerra llevadas a cabo por el ejército cruzado en diferentes etapas, traeran consigo que una detrás de otra, las ciudades y los castillos del Lenguadoc (Montreal, Fanjaus, Laurac, Saissac, Castres, Menerba, Termes, Cabares, Lavaur, Tolosa,...), vayan cayendo víctimas de duros asedios y los cátaros que residen en dichos lugares y que no han podido escapar, sean quemados vivos, en diversas hogueras colectivas.