La institució d'una Inquisició apareix l'any 1231 en la Historia, en territori germànic, contra els càtars renans, l'eliminació dels quals el papat confia a Conrad de Marburg. L'any 1233, a Occitània, "l'Inquisitio heretice pravitatis" (funció d'investigació sobre la depravació herètica), és oficialment instaurada i Gregori IX, investeix a dominics i franciscans, d'aquest sant ofici.

     La paraula Inquisició significa pròpiament investigació. El procediment dirigit per un veritable tribunal, amb un jutge que "instrueix" cada assumpte, interrogant els testimonis aportats sota jurament, per tal de fer-los dir tota la veritat sobre ells mateixos i sobre els altres. La Inquisició doncs, com a procediment d'investigació, exigia testimoniatges, reclamava llistes de noms i es basava en el sistema de la delació. El seu objectiu va ser conduir a la mort una religió, mitjançant l'eliminació dels seus pastors i el desmantellament de les xarxes de solidaritat vers ells.

     La Inquisició era odiada, perquè d'alguna manera arribava en els furgons de l'exèrcit d'ocupació, i es dividia escorcollant el país fins al punt que feia de cada vilatà, un sospitós en potència i de l'Església dels Bons Cristians, una Església del desert. Va funcionar i es va organitzar a poc a poc, de manera cada vegada més burocràtica i més sistemàtica.

     L'objectiu de les seves investigacions era simple: identificar, amb el joc de lligar caps a partir de testimoniatges, tots els perfectes i les perfectes clandestins, tots els ministres i pastors de la religió dissident. Els registres d'interrogatoris o de deposicions, funcionaven en aquest aspecte com a veritables fitxers que destacaven noms i llocs. Cada perfecte o perfecta identificat i arrestat, era sistemàticament "lliurat al braç secular", és a dir, lliurat a la foguera si refusava abjurar. Si abjurava, incorria en penes menors: la condemnació a les "quatre parets", la presó, perpètua o no, "estricta" o no (la presó "estricta" equivalia a una condemna de mort dissimulada). Si abjurava i acceptava fer-se col.laborador de la Inquisició, recobrava la llibertat, però sota la protecció d'armats.

     Sens dubte la inmensa majoria de perfectes no van abjurar, i és així com la repressió selectiva, el terror generalitzat i la delació erigida en sistema per la por i la cobdícia, duta a teme per la Inquisició des de 1234 a 1325, va aconseguir la total desaparició de l'Església càtara a Occitània. Alguns dels seus membres es van refugiar a la Llombardia i fins i tot a Catalunya, i els altres, un rera l'altre, van ser eliminats pel foc.