Ecuador y Perú mantienen un litigio fronterizo desde hace muchos años. El territorio en disputa es una extensión de 340 km2 en la cordillera del Cóndor que atraviesa ambos países. Es una región montañosa e inexplorada, pero al parecer con ricos yacimientos minerales.
Ecuador reclama esta zona desde su independencia. Hubo tratados previos en los años 1832, 1860, y 1936.
El territorio fue asignado a Perú en 1942 por el Protocolo de Río de Janeiro, en el que figuraban como garantes Argentina, Chile, Brasil y Estados Unidos. Aunque firmó el acuerdo, Ecuador consideraba que se había entregado a Perú demasiado territorio y, en 1950, anuló unilateralmente el tratado.
En 1981 un nuevo conflicto en la frontera terminó con un arbitraje internacional por parte de la Organización de Estados Americanos (OEA).
En 1995 los ejércitos de los dos países se enfrentaron, con el triste balance de 200 muertos y heridos y unas 5.000 personas desplazadas de sus hogares en Perú y cerca de 15.000 en Ecuador.
El Acuerdo de Itamaraty (garantizado por Argentina, Brasil, Chile y Estados Unidos) de 1998, dio a Ecuador acceso al Amazonas, derechos de navegación, dos zonas francas y dos parques naturales en el territorio en conflicto. En 1999 terminó la colocación de hitos fronterizos.
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