Malgrat l'escàs pes demogràfic i econòmic de Jafre al llarg de la història, la vila no ha estat exempta de patir els trasbalsos derivats de les conteses bèl·liques que enfrontaven sovint la noblesa catalana per una banda, o les periòdiques guerres mantingudes amb els exèrcits de la veïna França. Així l'any 1389, en el context de les tensions existents entre el rei Pere d'Aragó i Jaume III de Mallorca, es produeix la invasió de l'Empordà per part de les tropes del compte d'Armanyach, que reivindicava els seus drets sobre el regne de Mallorca. El dia 7 del mes de novembre la ciutat de Girona comunica al rei l'entrada de companyies estrangeres al Rosselló i Conflent, en aquells moments terra catalana, així com a la Cerdanya i resta de Catalunya; el dia 18 l'exèrcit del compte ja era a Medinyà, i pel camí havia conquerit les viles de Ventalló, Torroella de Fluvià, Saus, Torroella de Montgrí, Ullà, Verges, Jafre i Colomers. Segons l'historiador Julián de Chia, els homes del compte varen cometre "en todas partes abominables excesos". Posteriorment, els reforços tramesos per l'hereu Joan II forçaren la retirada de l'exèrcit francès.
L'any 1462, durant l'anomenada guerra civil catalana entre els exèrcits de Joan II i els de la Generalitat, Jafre serà escenari d'un dels fets més sagnants de la seva història. Aquesta guerra durà seu anys, i enfrontava el bàndol reialista ( format per remences, menestrals, barons de la cort i alguns nobles ) amb el bàndol del Consell del Principat integrat per la burgesia barcelonina, aliada amb barons i nobles, i un sector popular addicte al desaparegut Carles de Viana, fil de Joan II. De composició heterogènia, la cohesió d'ambdós bàndols venia donada per raons que anaven més enllà de la ideologia. Tanmateix, el pacte subscrit entre le rei i Lluís XI de França per una banda, i entre el Consell del Principat i el rei de Castella per l'altra, no va fer res més que afegir llenya al foc i estendre arreu l'impacte del conflicte.
En el cas concret de Jafre sembla que les sovintejades incursions al poble per part dels soldats francesos a la recerca d'aliments i farratges exasperaren els vilatans, que mataren fins a trenta francesos pertanyents a l'exercit de Lluís XI i per tant aliats del rei Joan II. Sembla que la troballa per part dels francesos dels cossos sense vida dels seus companys - soterrats a les pallisses d'algunes cases- desvetllà el seu odi i tot seguit s'adreçaren a la reina Joana, sojornada en aquells moments prop de Colomers amb el seu fill Ferran, exigint el dret de revenja en represàlia per aquest fet. Finalment, sembla que s'executaren quinze jafrencs segons el testimoni de Pere Figueres, conseller de Barcelona. La guerra civil acabà l'any 1472 amb la victòria de les tropes del rei Joan II i la signatura de la capitulació de Pedralbes.
Gairebé dos-cents anys més tard, en la denominada guerra dels Segadors, el poble de Jafre patí altra vegada l'acció de l'exèrcit francès. Tal i com assenyala Maruja Arnau, l'any 1654 les tropes franceses acampen pels indrets de Jafre i causen algunes destrosses a la Font Santa. Pocs anys més tard, concretament l'any 1684, l'exèrcit francès que assetjava Girona féu una incursió per aquestes contrades. Mossèn Baldiri Quer, el rector de la parròquia d'aleshores, va fer constar als llibres parroquials que a primers de juny del 1684 als bacins de l'església hi havia només set rals de plata i que això era degut a les tropes franceses, " que varen posar siti a la ciutat de Gerona sense poder-la haver i a la reculada passaren per Medinyà, Cervià, Sant Jordi, Colomers, Jafre i Verges, y a 18 de juny les tropes són a Sant Pere Pescador, destruint al seu pas els conreus i altres coses de l'Empordà".

Pere Figueres, conseller de Barcelona, escriu el 24 d'agost del 1462 als seus companys del Consell Barceloní contant-los els fets succeïts a Jafre

"E la reyna, vahent los ffrancesos axí collorosos, los dix pus així era, los dava la villa e gents da saco, de que decontinent los ffrancesos comensaren a còrrer la dita villa de Jàffer; e primerament la casa de mossèn Jàffar, los uns scalant-li la casa, los altres matent foch a la porta; e així lo dit Mossèn Jàffar ( Bernat Guillem de Jafre ) deffensant la sua casa és stat ferit de un pessador en la cara, del qual és mort. E los ffrancesos, qui han més foch a la porta, hi han dat ten bon recapte que com los altres són entrats per dalt tots los sotres son stats consentits del foch e los qui eren ja dins casa, los quals eren entorn XXXX, se'n són entrats ab los sostros que no n'a scapat sinó un; així dels ffrancesos hi han morts entorn LXX e ells han corregut tot Jàffar e han degollats tots los hòmens que si són trobats, excepte VII; los morts poden ésser entorn XV e béns."