L'any 1325, quan el comptat d'Empúries fou incorporat a la corona pel rei Jaume II, la baronia de Verges, com una illa dins dels dominis reials, va romandre en mans de la família del comptes emporitans. Tenia la cort al castell de Verges, i el batlle estenia la seva jurisdicció sobre un bon nombre de poblets de les rodalies: Jafre n'era un d'ells.
En aquella època corria la brama que els pobles que pertanyien a la corona gaudien de més avantatges que no els que depenien d'un senyor privat. El rei, per tal de fer-les més atractives, dotava les seves localitats de privilegis: alleugeria els impostos i els seus tribunals quedaven sotmesos a la justícia reial, que estava més reglamentada i era menys arbitrària i capriciosa que la dels senyors privats o barons.
Així les coses, no ens ha d'estranyar que l'any 1449 els veïns de la baronia intentessin incorporar-se a la Corona redimint-se del Baró de Verges comprant-li els seus drets. En aquell primer intent no van sortir-se'n, però tampoc no van abandonar i, l'any 1553, després de força anys de treva reprengueren la batalla legal.
El procés va comptar amb l'oposició de la família dels Cardona-Rocabertí, barons de Sant Mori, que uns anys abans havia annexionat la baronia de Verges al patrimoni familiar. El baró de Sant Mori va defensar aferrissadament els seus drets i va recórrer la sentència del 1575 que li era desfavorable. No fou fins al 23 d'agost de 1587 que una sentència en ferm i irrevocable va incorporar definitivament la baronia de verges a la jurisdicció reial. A partir d'aquella data Jafre va formar part de la batllia reial de Verges. Les expectatives no es van complir, i l'entrada a la Corona va comportar més maldecaps de alegries. Els administradors del patrimoni reial van considerar que els terrenys de les illes formaven part de la llera del riu i per tant pertanyien a la Corona. Desestimaren tant antigues escriptures de propietat com l'aprofitament que tradicionalment n'havien fet els jafrencs i vergelitans, i es va iniciar un gran plet que va afectar gairebé a tots els veïns. Des de 1857 fins a 1590 les vingudes dels administradors del patrimoni reial foren constants. Proclamaren bans sobre les illes, acusaren els veïns de robar bens del patrimoni reial, els segrestaren la fusta dels arbres que havien tallat a les illes, els multaren per pasturar-hi bestiar, els embargaren els objectes de valor que tenien a casa i finalment els citaren a Barcelona, on un bon nombre de caps de casa restaren empresonats fins que el jutge va proclamar la sentència definitiva. Les illes de Jafre van incorporar-se al reial patrimoni ja que la sentència va considerar que el rec del molí era un braç natural del Ter i, com a tal, les illes formaven part de la llera del riu.
Per acabar-ho d'adobar, l'any 1607, l'hereu del castell de Jafre, en Juli de Marimon i de Jafre, molt vinculat a la cort reial per part dels Marimon, va aconseguir que el rei Felip II li concedís la jurisdicció civil i criminal i el mer i mixt imperi sobre el terme del castell. Li va faltar temps per enviar els seus procuradors amb un notari a prendre'n possessió públicament. Va organitzar la cerimònia habitual en aquests casos per tal que tots els vilatans sabessin que a partir d'aquell moment haurien de passar comptes amb ell i no amb els administradors reials. Van aixecar forques, van posar bans i penes als veïns i els van exigir sagrament i homenatge, tot en senyal de possessió. L'acte es va cloure amb el nomenament d'en Joan Domènech i Pons, l'hereu del mas Pons de la Salvetat, que ja n'era joher, com a batlle del senyor del castell.
Evidentment es va organitzar un gran rebombori entre els veïns, que no entenien com després d'haver estat annexionats per la corona podien tornar a tenir el poble sotmès als capricis d'un noble, i acudiren al batlle reial de Verges, que immediatament va nomenar l'hereu de Can Rich com a sotsbatlle reial a Jafre per intentar equilibrar la situació.
L'enfrontament va portar a un plet que no es va resoldre fins l'any 1616 amb una sentència reial que afavoria el seu privilegiat i li ratificava la concessió. La reacció del poble fou immediata, i el març de l'any 1618 es van alliberar d'aquesta càrrega amb l'adquisició del castell.