Los escritos de primeros pensadores cristianos (la apologética) buscan defenderse frente a las persecuciones y exponer las ideas básicas del cristianismo para combatir las herejías. Rechazan todo aquello que consideran pagano y, en concreto, la filosofía que es asimilada al error y la falsedad. La única verdad es la revelada por Dios.

Pasada esta fase, a la razón se le da el papel de instrumentos válido al servicio de la fe. Agustín de Hipona (354-430), una de los padres de la Iglesia (la patrística), hace la primera gran síntesis entre cristianismo y pensamiento griego, en concreto, con el platonismo, ya que era la filosofía que tenía más posibles puntos de contacto con el cristianismo.

Se produce un desplazamiento de la actividad cultural y científica a Oriente. En el año 529 el emperador Justiniano clausura las escuelas filosóficas de Atenas y los filósofos se marchan llevándose las obras clásicas a Oriente. En estos textos la filosofía de Platón y Aristóteles se fusionan provocando equívocos en su interpretación cuando en el siglo XIII sean recuperados en Occidente.

Mientras tanto, el pensamiento cristiano ha fijado su credo básico y para transmitirlo funda la escolástica formada por las escuelas monacales primero y después por las catedralicias que darán lugar a las primeras universidades. En ellas se reinicia poco a poco la reflexión y el debate filosófico aunque siempre dentro de los límites de la interpretación de que de la Biblia han hecho los Padres de Iglesia.

En el siglo XIII la recuperación de parte de la obra Aristóteles de manos del filósofo árabe Averroes (1126-1198) causa un gran impacto en la universidad de París. Se genera una gran controversia pues se encuentran con una explicación meramente racional, que no recurre en ningún momento a la revelación, de todas las cuestiones que acucian al ser humano. En un primer momento las ideas de Aristóteles se persiguen por heréticas pero Tomás de Aquino (1225-1274), un monje y filósofo dominico, adapta el pensamiento aristotélico al cristiano proporcionando la segunda gran síntesis entre éste y el pensamiento griego. Tal éxito tendrá que su síntesis, denominada aristotélico-tomista, que se convertirá en el libro de texto oficial durante el renacimiento y en el nuevo dogma de fe cristiano.

Sin embargo a lo largo del siglo XIV cada vez surgen más voces reclamando una separación entre razón y fe, filosofía y religión, y reivindicando la autonomía de cada una de ellas. El ejemplo más relevante es la filosofía nominalista de Guillermo de Ockham (1295-1350) Se inicia un proceso de secularización de la cultura y se abandona todo intento de racionalizar la fe, es decir, se reconoce que la razón es una vía diferente de conocimiento que la fe. La experiencia como modo de conocimiento va obteniendo cada vez más importancia en detrimento del valor tradicionalmente atribuido a la deducción y a la autoridad, hecho que contribuirá decisivamente al impulso de nuevo de la ciencia.