La pacificació i reorganització de Catalunya portada a terme per Ferran II, a finals del segle XV, va fer que aquesta sortís, en part, del col·lapse econòmic que havia patit durant els decennis anteriors.

Barcelona semblava recuperar la seva preponderància, enfront de València que havia ocupat durant el segle XV el buit deixat per una Catalunya en franca decadència i empobrida per la guerra.

Els estols catalans tornaven a solcar la Mediterrània en direcció a Egipte.  De nou es reprenia l'activitat comercial, els  catalans arribaven altre cop al nord d'Àfrica,  Sicília, Sardenya i Nàpols.

En el últims anys del regnat de Ferran II, s'havien conquerit i fortificat tot una sèrie de ports del litoral del Magrib des de Melilla fins a Trípoli (Melilla, 1497, Orà 1509, Alger 1510, Bugia 1510, Trípoli 1510 ). Això havia permès controlar, encara que de forma efímera, la pirateria barbaresca, a la que s'havia privat de gran part de les seves bases.

La embranzida adquirida pel poder otomà en temps de Solimà el Magnífic, que va conquerir Belgrad (1521) i va derrotar Hongria a la batalla de Mohács (1526), va anar acompanyada del creixement del domini turc en tota la Mediterrània.

Els llegendaris pirates barbarescos, els germans Barba rossa, Khayr i Aruj-ed-Din,  havien passat de la resistència als atacs cristians, a prendre la iniciativa. Les seves accions sobre les costes de Catalunya es varen començar a sentir cada cop amb més intensitat, sobretot a partir de la pèrdua d'Alger (1529). A l'any següent  Khayr-ed-Din obtenia  la regència d'Alger i tres anys més tard (1533) el comandament de la flota turca. L'any 1539 Barba rossa vencé l'almirall genovés Andrea Dòria aliat de catalans i venecians.

Carles V es va veure obligat a organitzar dues expedicions de conquesta, una a Tunis (1535) que va reeixir, i una altra a Alger (1541) que va fracassar. La participació catalana en ambdues va ser important, si bé no varen servir per impedir la continuïtat de les accions de cors dels turcs.

Per altra part el comerç català i la puixança que semblava s'havia començat a recuperar a principi de segle, feia uns quants anys que havia entrat en fase de franca regressió. A l'exclusió dels catalans del comerç amb Amèrica, s'havia afegit el tancament de les rutes comercials amb orient.

Dues havien estat les causes del tancament del comerç del mig orient. Per una part, Portugal havia obert la ruta de la Índia vorejant el Cap de Bona Esperança, monopolitzant el comerç de les espècies i obstaculitzant  les rutes comercials del Golf Pèrsic i la mar Roja,  tancant-les a partir del 1515 (establiments a Ormuz i Socotra). Aquest fet  havia estat un cop mortal per a la prosperitat d'Egipte, que fins llavors havia monopolitzat el comerç dels productes de l'extrem orient, comerç que es feia extensiu a catalans, genovesos i venecians. Per altra part, l'antecessor de Solimà, Selim I s'havia apoderat de Damasc (1516) i El Caire (1517) i si bé durant un temps els turcs varen respectar els acords comercials entre Egipte i els catalans (confirmació  dels privilegis  l'any 1528),  aquest comerç a la pràctica havia deixat d'existir.

Les costes de la Corona catalano-aragonesa, s'havien convertit en la reraguarda d'un Imperi, que mirava més enllà de l'Atlàntic. Aquest imperi estava deixant desguarnides aquestes costes i per tant, sotmeses als atacs dels corsaris barbarescos, al servei de l'Imperi otomà. Mentre la Corona centrava els seus esforços bèl·lics a les guerres a Europa; els conflictes religiosos en temps de Carles V i la guerra a Flandes en temps de Felip II.

Els últims episodis que succeïren a la Mediterrània, on els catalans preponderaren, van ser la defensa de Malta (1565) i batalla de Lepant (1571), aquest últim episodi va ser la reacció d'Occident a la caiguda de les últimes colònies comercials a la Mediterrània oriental i a la conquesta de Xipre pels turcs. Fou una victòria inútil, ja que en cap cas s'aprofità la conjuntura per intentar derrotar definitivament als turcs, les divisions entre els membres de la  Lliga Santa va impedir explotar l'èxit aconseguit.

Model de la Galera reial de Joan d'Àustria.
Nau capitana de l'estol de la Santa LLiga
-Espanya, república de Venècia, estats Pontificis i Malta-,
que es va enfrontar amb l'esquadra turca a Lepant.
 
 
 
 
 
 

El poder turc es refaria ben aviat. L'ambaixador de l'imperi otomà va dir als representants de la República de Venècia després de Lepant: “Hi ha una diferència entre la vostra pèrdua i la nostra, en arrancar-vos un regne (Xipre) us hem arrencat un braç, derrotant la nostra flota només ens heu tallat la barba, el braç ja no creix, la barba afaitada es fa més forta i espessa”. Aquest comentari resultaria premonitori, l'any següent els estols turcs s'ensenyorien de la Mediterrània. Les costes  catalanes ho havien de patir durant molts anys, ja que no va ser fins a la conquesta d'Alger pels francesos (1830) que el perill va desaparèixer definitivament.