Pitàgores era natural de Samos ( illa del Dodecaneso, pròxima a Milet ). S'admet com a data provable del seu naixement l'any 569 a.C. Alguns escriptors deien que el seu pare va ser Mnesarco, un ric comerciant de Tiro i la seva mare Pítia, que era grega ( encara que en algunes històries no coincideixen en aquestes nacionalitats dels seus pares ), així que es pot dir que com Tales, posseïa sang fenícia i grega.
Es coneix molt poc de l'adolescent i jove Pitàgores ; pot ser va viatjar amb el seu pare per Fenícia, Calda i el ser d'Itàlia. Pitàgores havia d'haver rebut una educació e exquisida que va començar aprenent a tocar la lira i a recitar poesia lírica i èpica. La seva formació intel·lectual es va dur a terme en l'illa on va néixer, sota la direcció dels filòsofs Ferecides ( religiosament ) i Hermodomas ( matemàticament i astronòmicament ). Encara que asseguren que Pitàgores va visitar a Tales de Milet i va aprendre d'ell, ja que cronològicament i geogràficament pot haver estat possible. A més d'haver anat a Egipte i a Mesopotàmia, es possible inclús que en els seus pelegrinatges hagués anat fins l'Índia, i també viatge pel Mediterrani des de Fenícia fins les columnes d'Hèrcules i d'aquí a les Galies i Gran Bretanya.
Així es pot afirmar que el saber
d'egipcis, fenicis, jueus, àrabs, caders, perses, indis i druides, segons tradicions llegendàries, hauria conformat la saviesa de Pitàgores.
Existeixen moltes literatures d'aquests viatges, però sembla que els únics viatges de Pitàgores que es poden assegurar són aproximadament a l'any 535 a.C. a Egipte i al 525 a Babilònia.
Enriquit amb la saviesa oriental i el coneixement, regressant, amb més de 40 anys, a Samos, Pitàgores va començar a imposar doctrines filosòfiques i religioses que no van ser enteses pels ciutadans, així que va abandonar la seva ciutat i se'n va anar cap a Cretona, situada a la costa sud-est d'Itàlia. Aquí Pitàgores va donar quatre discursos públics : Als joves, als governants, als nens i a les dones. El contingut dels discursos està ple de recomanacions morals que pondera la virtut per sobre de tots els demés valors. Pitàgores es mostra en Cretona com un home ple de majestat, distinció i excedència, amb una excel·lent figura física.
Pitàgores es va establir en casa de Milió, (famós atleta de Cretona ), també es diu que aquest tenia una filla, més tard esposa de Pitàgores, anomenada Teano, amb dues filles i un fill.
Pitàgores va fundar en Cretona una societat de caràcter científic i religiós, on els secrets de les matemàtiques i de la filosofia formaven part del ritual òrfic.
No es coneix amb seguretat els detalls dels seus últims dies, amb versions diferents a la seva mort. Sembla que després d'una guerra entre els sibarites i Cretona ( exèrcits comandats per milón ), van incendiar la casa d'aquest i pocs Pitagòrics que estaven allà reunits van poder fugir i fins aquí històricament.
Versions, diuen que va morir en l'incendi o en la fugida, encara que hi han algunes que asseguren que Pitàgores es va refugiar amb alguns dels seus seguidors, anant a Tarento i desprès a Metaponto on va morir l'any 500 a.C. Aquests van transformar la casa on va morir en un
santuari.