Mientras la filosofía continúa desarrollándose en Atenas la ciencia se desplaza hacia Alejandría cuyo museo-biblioteca será el mayor centro científico de la antigüedad. En él trabajarán científicos como Euclides, Arquímedes, Ptolomeo, Galeno e Hipatia.

Con la helenización de Roma las escuelas filosóficas griegas se instalaron también en la capital del nuevo imperio. Los romanos no entendieron bien la pluralidad de escuelas que fue visto como caos y falta de verdad, y les llevó progresivamente hacia el escepticismo, el irracionalismo y la religión. Poco a poco se fue produciendo un acercamiento entre las distintas escuelas quedando marginada y perseguida la escuela epicúrea.

En la ciencia, exceptuando el núcleo de Alejandría, se limitan a traducir obras o a hacer "summas" en las que se recopila todo lo que los antiguos sabios creyeron ver o anotar. Así se abandona la investigación natural y cada vez es mayor el interés por sucesos de carácter mágico o sobrenatural.

En el final del mundo antiguo el desfondamiento del orden social romano lleva a un progresivo acercamiento de la filosofía a la religión. Ya no se entiende la serenidad del sabio y se busca la salvación trascendente, es una época de miedo a la razón.

Con el Edicto de Milán (año 313) y el reconocimiento de la libertad de culto cristiano la Iglesia se convertirá en el nuevo poder que monopolizará la cultura y la administración estatal. Su férreo control ideológico irá persiguiendo todas aquellas ideas que no concuerden con lo afirmado en la Biblia y de esta manera las escuelas griegas irán desapareciendo o manteniéndose en algunas elites cultas.