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En 1872, Charcot sucedió a Vulpian en la cátedra de anatomía patológica. Conservó este puesto hasta que, por esfuerzos de Gambetta, se creó para él, en 1882, la primera cátedra de clínica de las enfermedades nerviosas. Este año fue también el de su ingreso en la Academia de Medicina, seguido de su elección, en 1883, para la Academia de Ciencias. Se convirtió entonces en hombre de la alta sociedad parisiense, mundialmente famoso, que sentaba a su mesa a las celebridades médicas, artísticas, literarias y políticas en el transcurso de las veladas de los martes, que tenían lugar en su hotel del 217 del bulevar Saint Germain. En el Hospital, sus lecciones dinicas atrajeron de todas partes a numerosos espectadores, cuya curiosidad, desgraciadamente, no siempre tenía carácter médico.
Enfermo de angina de pecho desde hacía varios años, murió la noche del 16 de agosto de 1893 de un ataque de edema agudo del pulmón, en el albergue del lago de los Settons, en el transcurso de un viaje de esparcimiento en el Morvan que había emprendido con sus discípulos Debove y Strauss. Sus honras fúnebres solemnes se efectuaron tres días más tarde en la capilla de la Salpétriére "recubierta de luto, con un gusto que honra a la casa Borniol", como se complació en subrayar el cronista de los Archives de Neurologie.

Charcot nos dejó el recuerdo de un personaje de cultura amplísima, médica y artística, excelente dibujante, que supo aplicar a la caricatura sus dotes de observador, gran viajero, llamado a consulta hasta en la corte de Rusia, gracias a su fama de clínico y de taumaturgo, pero cuyo carácter autoritario y tormentoso no toleraba la menor contradicción. Tuvo dos hijos una mujer, Jeanne, nacida en 1865, y un varón, Jean-Baptiste, nacido en 1867, quien, luego de haber terminado la carrera de medicina para complacer a su padre, del que fue además interno, realizó después una carrera de explorador, antes de morir el 15 de septiembre de 1936 frente a la costa de Reykiavik, a bordo del Pourquoi-Pas?

Los primeros trabajos de Charcot versaron sobre diversos temas de la medicina hasta el momento en que su llegada a la Salpétriére, en 1862, orientó sus investigaciones hacia el mundo, hasta entonces muy poco conocido, de las afecciones del sistema nervioso, a cuyo estudio aplicó el método anatomoclínico de Laënnec. En el transcurso de los diez anos siguientes, produjo lo esencial de una obra neurológica que cien años más tarde conserva aún todo su valor, y cuyos capítulos llevan los títulos de "La esclerosis lateral amiotrófica" o "Enfermedad de Charcot" (1865), la "Esclerosis en placas" (1868), "Las artropatías de la tabes" (1868-1869), o "Las localizaciones medulares" (1873), pero desde 1878, "por la fuerza de las cosas, se vio sumergido en plena histeria" (P. Marie). Con ocasion de la restauración de los locales de la Salpétriére, adjuntaron a su servicio la "sección de los epilépticos simples" en el que acababan de agrupar a auténticos enfermos comiciales y a histéricas que adoptaron los síntomas de los modelos convulsivos que tenlan ante los ojos.

Rápidamente, Charcot se apasionó por este nuevo campo de investigaciones. Adoptando las ideas de Briquet, quien vela en la histeria una neurosis del encéfalo, quiso aplicar a su estudio -Y éste fue uno de sus errores- la mirada descriptiva y metódica del neurólogo. Pretendió fijar definitivamente las "reglas" del gran ataque histérico, "válidas para todos los tiempos, para todos los países, para todas las razas Fue enton ces cuando se produjo en su obra aquella "pequeña falla" de que hablaría más tarde su discípulo, Pierre Maire, la de la introducción de la metaloterapia de Burq en 1876, seguida de la de la hipnosis en 1878: su manipulación fue confiada, sin tomar las precauciones necesarias, a colaboradores que en su mayoría se inclinaron por mostrar al "patrón" (que, al parecer jamás hipnotizó personalmente a un solo paciente). las manifestaciones que deseaba ver, a partir de un número de enfermos "vedettes" y en resumidas cuentas restringido, exhibidos a mentido en demostraciones públicas y poco a poco educados en una atmósfera de sugestión recíproca.

En 1882, Charcot envió a la Academia de Ciencias una comunicación Sur les divers états nerveux déterminés par l'hypnotisation chez les hystériques, punto de partida de las famosas polémicas con Bernheim, a propósito de la asimilación abusiva de la hipnosis a la histeria, de las anestesias sensitivo-sensoriales, "creadas en todas sus partes por la sugestión médica exploradora", y de esa "histeria de cultura" por ultimo, producto puro de la escuela de la Salpêtriére, según los de Nancy.

Las teorías de Charcot casi no le sobrevivieron. Sin duda, él mismo lo habia presentido, pues unos cuantos dias antes de su muerte confesó a su secretario Georges Guinon que "su concepción de la histeria se habla tornado caduca y que era necesario volver de pies a cabeza todo ese capítulo de la patología nerviosa".

Sin embargo, el papel de Charcot en la historia de la psiquiatría no fue negativo. Tuvo el mérito de acreditar definitivamente la idea de la histeria masculina, de llamar la atención sobre las manifestaciones de la histeria traumática y, sobre todo, al oficializar con su prestigio el interés médico de la "gran neurosis" favoreció la evolución de la psicología dinámica: Pierre Janet fue su discípulo, creó para él el laboratorio de psicología experimental y los cuatro meses que Freud pasó en su servicio en 1885-1886 influyeron sin duda mucho en el desarrollo ulterior del psicoanálisis.