No coneixem que mai s'hagi dut a terme cap campanya d'excavació arqueològica dins del terme municipal, però, arran de les que s'han realitzat a les rodalies, no resulta gaire agosarat deduir-ne que aquestes terres foren habitades des de molt antic.
A la part alta del terme hi ha turons suaus, entre 50 i 100 metres sobre el nivell del mar, antigament ocupats per boscos d'alzina, on la caça era abundosa. Hi havia grans animals com cavalls, cérvols i senglars - fins i tot s'hi han trobat les restes d'un elefant - i de més petits com llebres i conills. D'aviram no n'hi faltava. Sabem pels bans medievals que els jafrencs tenien prohibit caçar perdius, faisans, francolins, coloms i paons en els boscos del senyor feudal.
Aquests boscos encerclaven les valls per poder-hi conrear cereals. Les rieres recollien l'aigua que rajava de les fonts i la conduïen fins a la part baixa del terme, on s'estanyaven al sector meridional del terme o s'incorporaven al riu, que, amb els seus aigualleixos delimitaven el territori pel cantó de migdia.
Pesca abundosa i pastures per als ramats, tot a quatre passes, al peu dels turons que perfilaven el llit del riu. Aquest ric i variat entorn, amb el clima general de la zona empordanesa, havia de ser un lloc prou acollidor per establir-s'hi.
La troballa de material d'època paleolítica al peu del puig de Bosc del Ferrer, entre aquest i la riera de les planes així sembla confirmar-ho. Els arqueòlegs hi han recollit una sèrie de còdols tallats que els primers habitants d'aquestes terres varen utilitzar com a eines de treball. 
Un xic més amunt, al mateix Bosc del Ferrer i al llarg de tota la carena que delimita el terme amb Colomers, hi ha restes d'estructures de grans murs que semblen denotar una ocupació indígena pre-romana en aquest indret. Allargassades sobre la carena, presenten el seu nucli més fortificat en el punt més alt, en el que avui és terme de Vilopriu, i s'estén pels dos vessants, tant a llevant com a ponent, amb nombroses terrasses. La contundència de les restes del mur de carena, amb 1,20 metres d'amplada, féu que, un miler d'anys després, fossin la referència per definir els límits entre les parròquies de Colomers i Jafre.
En els altres dos sectors elevats del terme, el puig Volterer i el puig de Sant Pere, també hi ha restes d'importants murs. La posterior utilització d'aquests turons i de les mateixes estructures com a pedreres, i l'intens aterrassament de la zona per al conreu de la vinya, fan que sense una intervenció arqueològica acurada resulti impossible determinar l'època en què es construïren.
Un altre indret que sembla especialment adequat per a l'establiment humà és el puig de la Salvetat. És el darrer punt on el Ter passa entre muntanyes abans d'endinsar-se a la plana empordanesa. 

Extracte del Ban de Lluís de Cardona i Rocabertí, senyor de la Baronia de Verges, pregonat a Jafre el 13 d'octubre de 1565. Més mana que no sia ningú ni ninguna qui gos ni presumesca cassar perdius ni francolins ab perdigot, ni ab foc, ni en ninguna altra art ni inginni, tenir llassos de ninguna manera ni filats de perdius en llurs cases, sots dita pena de deu lliures; y qualsevol qui tinga perdigot en casa sua que nol gos traure de casa sua, sots dita pena y lo perdigot perdut. Més mana que ningú gos ni presumesca cassar llebres, sots la dita pena de deu lliures. Hac més mana que no sia ningú qui gos cassar conills a les motes de Canet ni a les motes de Verges y a les Illes de Jaffre, ni gosar-los tirar ab ballesta ni arcabús en dites Illes i motes, ni cassar ab lasos dins dita baronia, sots dita pena de deu lliures barceloneses. En altra qualsevol part poden cassar conills ab cans y altrament no. Arxiu de la Corona d'Aragó: Batllia - Processos Antics: 1588 1-A, foli 89r

ALBERCH I FUGUERAS, Ramon; VIÑAS I PARRAMON, Joan: "Jafre", Quaderns de la Revista de Girona, 83 (1999 ), p. 8.