La classificació de les causes que produeixen trastorns per la indigestió d'aliments és molt variada, però totes elles s'inclouen en dos grans grups: biòtiques i abiòtiques.
      Les primeres són degudes a l'acció d'éssers vius, macro o microscòpics com ara paràsits animals, bacteris, fongs, virus, toxines.
      Pel que fa a les abiòtiques són causades per agents no vius, com és el cas dels pesticides, adobs, conservadors artificials, metalls pesants, etc.